VMDによる分子の表示

分子動力学

1. 構造ファイルの準備

適当なテキストエディタ（メモ張、ワードパッド、秀丸など）で、次のファイルを作成する。これは水分子のxyz座標を記述したファイルである。

ファイル名：water.xyz

3
Water molecule
O  5.00  5.00 5.00
H  5.76  4.41 5.00
H  4.24  4.41 5.00
水分子の構造

 

 

2.VMDを起動

プログラムを起動すると、下図のように「VMD 1.9.* OpenGL Display」、「VMD Main」「VMD1.9.*」の３つのウィンドウが現れる。

vmd1
VMD起動時の画面

3. 分子構造ファイルの読み込み

  • 「VMD Main」ウィンドウの「File」→「New Molecule」を選択。「Molecule File Browser」ダイアログの「Filename」テキストフィールドに入力ファイルへのパスを入力。あるいは、テキストフィールド脇の「Browse…」ボタンを押して、エクスプローラを起動し、ファイルを指定する。
    ※ファイルのパスに日本語のディレクトリが含まれているとエラーになるので要注意。
  • 「Molecule File Browser」ダイアログの「Load」を押すと、ファイルが読み込まれる。
vmd2
water.xyzを読み込み直後の画面

 3. 見栄えの調整

  • 「VMD Main」ウィンドウの「Graphics」→「Representations」を選択。「Graphical Representations」ダイアログの「Drawing Method」で、たとえば「CPK」を選択すると、「VMD 1.9.* OpenGL Display」の原子が球体で表示される。
  • 「Graphical Representations」ダイアログの「Sphere Radius」を調節すると、原子を表わす多面体の細かさが変化する。
vmd3
Representation調整後の表示例

 4. VMDの終了

「VMD Main」ウィンドウの「File」→「Quit」を選択。ダイアログで「Yes」を押して終了。