1. 構造ファイルの準備
適当なテキストエディタ(メモ張、ワードパッド、秀丸など)で、次のファイルを作成する。これは水分子のxyz座標を記述したファイルである。
ファイル名:water.xyz
3 Water molecule O 5.00 5.00 5.00 H 5.76 4.41 5.00 H 4.24 4.41 5.00
![](https://www.watanabe-lab.jp/wp-content/uploads/2015/01/795316b92fc766b0181f6fef074f03fa.png)
2.VMDを起動
プログラムを起動すると、下図のように「VMD 1.9.* OpenGL Display」、「VMD Main」「VMD1.9.*」の3つのウィンドウが現れる。
![vmd1](https://www.watanabe-lab.jp/wp-content/uploads/2015/01/vmd1-300x225.png)
3. 分子構造ファイルの読み込み
- 「VMD Main」ウィンドウの「File」→「New Molecule」を選択。「Molecule File Browser」ダイアログの「Filename」テキストフィールドに入力ファイルへのパスを入力。あるいは、テキストフィールド脇の「Browse…」ボタンを押して、エクスプローラを起動し、ファイルを指定する。
※ファイルのパスに日本語のディレクトリが含まれているとエラーになるので要注意。 - 「Molecule File Browser」ダイアログの「Load」を押すと、ファイルが読み込まれる。
![vmd2](https://www.watanabe-lab.jp/wp-content/uploads/2015/01/vmd2-300x225.png)
3. 見栄えの調整
- 「VMD Main」ウィンドウの「Graphics」→「Representations」を選択。「Graphical Representations」ダイアログの「Drawing Method」で、たとえば「CPK」を選択すると、「VMD 1.9.* OpenGL Display」の原子が球体で表示される。
- 「Graphical Representations」ダイアログの「Sphere Radius」を調節すると、原子を表わす多面体の細かさが変化する。
![vmd3](https://www.watanabe-lab.jp/wp-content/uploads/2015/01/vmd3-300x225.png)
4. VMDの終了
「VMD Main」ウィンドウの「File」→「Quit」を選択。ダイアログで「Yes」を押して終了。